По возвращении в Германию "Адмирал Шеер" прошел ремонт в Киле и должен был отправиться в новое крейсерство, однако под впечатлением гибели "Бисмарка" Гитлер потребовал избегать рискованных походов крупных кораблей, чтобы их не постигла такая же судьба. Немногим больше произошло и в 1941 г., когда "Адмирал Шеер" совершал переходы между Норвегией и Балтикой. В сентябре нескольких зарядов в погребе сдетонировало, и крейсер был вынужден вернуться для необходимого ремонта на верфи "Блом унд Фосс" в Гамбурге. Ремонт и последовавшее за ним обучение экипажа задержали возврат корабля в строй до конца года. В феврале 1942 г. "Адмирал Шеер" планировалось отправить в Норвегию, где собиралась флотилия из тяжелого крейсера "Принц Ойген" и линейных крейсеров "Шарнхорст" и "Гнейзенау". Во всяком случае, повреждения, полученные при подрыве на мине, заставили крейсер вернуться в Германию для ремонта. 20 февраля "Принц Ойген" и "Адмирал Шеер" отправились в Командующий ВМФ гросс-адмирал Редер с адмиральским жезлом в правой руке на палубе крейсера "Адмирал Шеер". Хорошо видны перестроенные носовая надстройки и мостик. В конце войны "Адмирал Шеер" имел клиперский заостренный нос и ломающую силуэт камуфляжную окраску в виде темно-серых полос поверх светло-серого фона. Обратите внимание на высокую, заостренную насадку трубы. Норвегию с эскортом эсминцев и миноносцев. Во время плавания британская подводная лодка "Трайдент" торпедировала "Принц Ойген", серьезно повредив ему корму и выведя на какое-то время из строя. Боевая группа сократилась до одного тяжелого крейсера и эсминцев. 10 мая "Адмирал Шеер" вошел в Боген-бей в Нарвике, а через 15 дней к нему присоединился "Лютцов". Два карманных линкора были сведены во 2-ю Боевую группу, а линкор "Тирпиц" и тяжелый крейсер "Адмирал Хиппер", стоявшие в Каат-фьорде, образовали 1-ю боевую группу. 2 июля обе боевые группы образовали ударные силы для уничтожения британского конвоя PQ17 по дороге в Мурманск. Как мы видели в главе, посвященной "Лютцову", операция в целом была неудачной, но как минимум "Адмирал Шеер" смог нанести противнику серьезный ущерб.
Сопровождаемый эскортом из 3 эсминцев и 2 подводных лодок крейсер должен был войти в Карское море, чтобы действовать там на коммуникациях союзников. В угрожающих безопасности корабля тяжелых льдах отряд встретил советский ледокол "Александр Сибиряков", который был быстро потоплен, а команда захвачена в плен. Однако момент внезапности оказался утрачен, и противник был предупрежден о появлении в Карских водах германского корабля. "Адмирал Шеер" лег на новый курс и атаковал береговые сооружения Порт-Диксона, перед тем как вернуться в Норвегию. При этом было объявлено о потоплении большого количества советских судов, из которых в действительности только 2 получили попадания и были повреждены. Несмотря на отсутствие серьезного ущерба для противника, поход в новые воды в сложных условиях был объявлен успехом ВМФ. В декабре 1942 г. "Адмирал Шеер" вернулся в Вильгельмсхафен для модернизации. В порту он пострадал от налета бомбардировщиков Королевских ВВС на доковые сооружения. Погиб только один член экипажа, но было ясно, что место базирования надо менять, и крейсер ушел в Свинемюнде для мелкого ремонта и покраски. В условиях Свинемюнде можно было не только сопротивляться, но и выполнить ремонт и переоборудование корабля. После его завершения "Адмирал Шеер" вошел в учебную группу и использовал Перевернувшийся "Адмирал Шеер" в Вильгельмсхафене после гибельной для него бомбежки в апреле 1945 г. Остов частично разобран на лом, пригодная часть конструкций использовалась при переоборудовании акватории. ся для обучения кадетов. Так прошли 1943 и 1944 гг. В конце осени 1944 г. "Адмирал Шеер" привлекался к обстрелу передовых советских частей у побережья Балтийского моря. Под огнем главного калибра крейсера мало кто оставался в живых. Противник делал попытки потопить крейсер ударами бомбардировщиков и торпедоносцев, был сбит корабельный гидросамолет Ar.196.
Корабль избежал повреждений, ушел в Готенхафен для дозаправки. На Новый год советские войска предприняли наступление, и все исправные корабли были привлечены к бомбардировке советских войск в прибрежной зоне. Успехи "Адмирала Шеера" и других кораблей, несомненно, были замечены прижатыми к берегу частями вермахта, но превосходящая мощь Красной Армии делала их преходящими. Расход боеприпасов был таким высоким, что потребовалась замена лейнеров в стволах орудий главного калибра. 8 марта "Адмирал Шеер" должен был прибыть в Киль для производства необходимых работ. Кроме экипажа на борту были 800 гражданских беженцев и 200 раненых солдат. Ввиду минной опасности крейсер так и не добрался до Киля. Пассажиры были выгружены в Свинемюнде, а "Адмирал Шеер" был отправлен для бомбардировки советских позиций в районе Кольберга. Затем "Адмирал Шеер" принял на борт беженцев и направился в Киль, которого на этот раз успешно достиг 18 марта. Работы по замене стволов начались на заводе "Дойче Верке" с кормовой 280-мм башни "Бруно" и были завершены в начале апреля. В это время на борту находился только необходимый технический персонал. Вечером 9 апреля бомбардировщики Королевских ВВС добились нескольких прямых попаданий и близких разрывов, причинив тяжелому крейсеру фатальные повреждения. Через час после начала бомбардировки было ясно, что существует серьезная опасность опрокидывания, и началась борьба за живучесть корабля. На фотографии корабль вскоре после укомплектования. Обратите внимание на эмблему на носу. В это время корабль был очень похож на "Адмирала Шеера". борта, через которые хлынула вода, быстро заполнявшая корабль. "Адмирал Шеер" высоко сидел в воде, так как его топливные цистерны были пусты, а 280-мм снаряды расстреляны, так что вес его уменьшился. Крейсер медленно лег на бок на 15-метровой глубине и перевернулся. Поскольку большей части экипажа на корабле не было, безвозвратные потери были невелики. Корпус "Адмирала Шеера" лежал у заводской стенки "Дойче Верке" до лета 1945 г., когда с него было снято все вооружение, башни и доступные металлоконструкции. Остатки корпуса были оставлены на месте до начала работ по реконструкции города, когда были просто погребены под тоннами щебня, а на новом месте была устроена автостоянка.